L’église dédiée à l’archange Raphaël construite sur un éperon rocheux sur la ligne de la crête de la Garonne, servait de point de repère aux bateliers. Elle est vraisemblablement édifiée vers la fin du XIe siècle comme lieu de repos pour les pèlerins sur le chemin de Saint-Jacques de Compostelle. Le village de Saint-Pierre d’Aurillac situé en face de Saint-Pardon, de l’autre côté de la Garonne est alors en effet une grande étape avant la traversée des Landes. Cette église se caractérise par l’inclinaison de son chœur par rapport à la nef. Elle représente l’inclinaison de la tête du Christ au moment de sa mort. Les voûtes datent de 1640.
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